Ni Cristo que lo fundó.

Etimología:

Lo que fundó Cristo fue la Iglesia, pero lo se refiere a algo masculino, así que no tiene sentido.

En una colección de dichos y refranes encontramos la siguiente forma, que podría ser la original (o una extensión enfática posterior):

    Ni estaba allí el anillo ni Cristo que lo fundó; ni Dios que lo ha visto.

Esa idea relacionada con "haber" la encontramos también en la documentación más antigua que hemos encontrado:

    Parecía pelo empolvado a estilo Pompadour, y como lo tenía tan rizoso y tan bien partido sobre la frente, muchos sostenían que ni allí había canas ni Cristo que lo fundó. (Fortunata y Jacinta, Benito Pérez Galdós, 1887)".

Parece estar relacionado con expresiones negativas enfáticas como "ni Dios" (ahí se fue todo el mundo y no quedó ni Dios). No sabemos cuál sería el origen, pero al menos como muestra de que en su inicio debió de tener sentido, pongamos un ejempo como posibilidad.

Imaginemos que alguien habla de un pueblo perdido en el que ya no vive nadie, y dice: Ahí no queda ya nadie, ni Cristo, que lo fundó. Se recogería la idea de que es un pueblo muy antiguo (tanto que pudo haber sido fundado por Cristo) y que ya no queda nadie. Esa expresión caería en gracia y quedó como frase hecha.